當工作頻率很低(在人的聽覺范圍內)就會產生噪音。當頻率低于20kHz時，工作噪音不僅變得很大，而且可能超出職業安全與保健法或其他條例所規定的安全噪音的限度。因此超聲波焊接機頻率選擇就顯得比較重要。

選擇超聲波焊接工藝時在可能的情況下盡量選擇頻率較高的焊接設備，在需要高功率焊接而不用考慮工件表面損傷的應用中，通常選擇從15kHz較低頻率超聲波焊接設備。該頻率范圍內的超聲波焊接設備常常被用于焊接大型、易焊接的工件。

高頻率的焊接設備通常被用于焊接精密工件。高頻還被用于被工件表面不允許損傷的應用。使用高頻可從幾個方面改善焊接性能。隨著頻率的增加，振幅降低，從而產生破壞性小的沖擊波使其能進行更微波振動。從而有效地減小了對工件表面的損傷。

隨著超聲波焊接技術的不斷進步，目前更高頻率的超聲波焊接設備使用越來越多，28khz、30khz、35khz、40khz。